鉄、マンガンが高い可能性があります。もしくは、フミン質（土壌中の植物が微生物によって分解されてできる有機物）が多く含まれている可能性もあります。
鉄、マンガンを除去する装置を設置するか、活性炭でフミン質を取り除くか等検討された方がよいかと思われます。